В провинциальном городе, где многие увлекались регби, создать футбольный клуб удалось лишь после нескольких неудачных попыток. В самом начале своей истории больших успехов «Уиган Атлетик» добиться не удалось. В 1995 году клуб купил уроженец Уигана, известный в прошлом футболист, бизнесмен Дэйв Уилан. Он привлек в команду трех игроков испанского происхождения, чем значительно усилил ее.

В 1997 году команда стала чемпионом в четвертом дивизионе. В 1999 году претендовала на выход во второй дивизион. В 2001 году на пост главного тренера бывший форвард «Уигана» — Пол Джуэлл.

В сезоне 2002/03 команда дебютировала в Премьер-лиге. Первые сезоны были успешными, и о команде писал каждый уважающий себя футбольный блог. Новости о клубе также публиковали фан сайт Штутгарта и сайт болельщиков Вольфсбурга. Сезон 2006/07 годов «Уиган Атлетик» был менее удачным, команде приходилось буквально бороться за выживание. Ей предрекали скоропалительный провал и вылет из Премьер-лиги.

После этого сложного сезона в команде поменялся менеджер и были приобретены новые игроки: Тайтус Брамбл, Марио Мельхиот, Денни Ландзат и другие. Но вскоре «Уиган» оказался на последних строчках турнирных таблиц. В этот период команду возглавил Стив Брюс. Он сделал все, чтобы команда осталась в премьер-лиге. Особенно впечатлила почетная ничья в матче с лондонским «Челси». В сезоне 2007/08 «Уиган Атлетик» заняла четырнадцатое место в Премьер-лиге.

В следующем сезоне команду возглавил Роберто Мартинес, который когда-то сыграл за клуб около двух сотен матчей. В этом и следующем сезоне команда занимала 16 позицию в итоговой таблице. В сезоне 2008/09 «Уиганы» неудачно стартовали, но эффектно финишировали, обыграв именитые «Ньюкасл», «Манчестер Юнайтед», «Арсенал», «Ливерпуль», «Астон Виллу». В итоге — они пятнадцатые в рейтингах и до сих пор сохраняют свое членство в Премьер-Лиге.

В команде было немало звезд футбола, таких, как — Эмил Хески, Паскаль Шимбонда, Титус Брамбл, Пауль Шарнер, Антонио Валенсия и многие другие.